1960年毕业于北京医学院(现北京大学医学部)并留校任教。1970年到广州医学院进修。1979年4月到英国进修。1981年8月回国。1984年被授予首批国家级有突出贡献专家称号。，受聘为世界卫生组织医学顾问、国际胸科协会特别会员、亚太分会理事。同年任硕士研究生导师，并获首批国家级有突出贡献的专家称号。1993年受到广东省人民政府通令嘉奖。1995年任博士生导师，同年被评为全国先进工作者，并荣获全国五一劳动奖章。1990年被评为全国卫生系统优秀留学回国人员，获政府通令嘉奖，1992年获全国卫生系统模范工作者称号。钟南山于1996年5月当选为中国工程院医药与卫生工程学部院士，是中国工程院医药卫生工程学部副主任，著名呼吸内科专家。1998年6月起任中国工程院医药卫生工程学部副主任。2003年荣获全国五一劳动奖章，同年5月荣获“中国医学基金会华源医德风范奖”。2005年4月13日当选中华医学会第23届会长，他是新中国成立后中华医学会七任会长中的第二位学者，此前多年，。1997年当选为中共十五大代表。连任第八、九届全国政协委员，。
2003年，作为中国抗击非典型肺炎的领军人物，在SARS(中国大陆地区民间通称为“非典型肺炎”)猖獗的非常时期，钟南山不但始终在医疗最前线救死扶伤，还积极奔赴各疫区指导开展医疗工作，倡导与国际卫生组织之间的密切合作，因功勋卓著，荣获全国“五一”劳动奖章，同时被广东省荣记特等功，被广州市授予“抗非英雄”称号。 1981年回国。历任广州医学院院长，广州呼吸疾病研究所所长，呼吸内科博士生导师，中华医学会总理事，中华医学会呼吸学会副主任委员。曾受聘为国际胸科学会特别会员、国际胸科学会亚太分会理事、，并作为中国的唯一代表参加“全球哮喘防治方略”的制定。
现任中华医学会会长、广州呼吸疾病研究所所长、广州市科协主席、广东省科协副主席等职。主要从事高氧/低氧与肺循环关系研究。首批国家级有突出贡献专家，先后担任中华医学会呼吸分会主任委员，，国际胸科学会特别会员，亚太地区执委会理事。他是近十几年来推动中国呼吸疾病科研与临床医疗走向世界前列的杰出领头人之一。 钟南山主持过多项国家自然基金课题、国家攻关课题、，、国家教委、广东省科委及广州市科委的奖励。其中，制作的GD微型最高呼气流速仪获1980年广东省科技进步三等奖;《转基因因子研究》获1982年广州市科技成果一等奖;。他从自己获得的广州市科技进步金鼎奖的奖金中拿出一半(5万元)，用来奖励在科研中取得成绩的年轻人。
